1992 m. sausio 31 d. Lietuvos gastroenterologų draugija gavo pakvietimą ir įstojo į Pasaulio gastroenterologų organizaciją. Tai buvo pirmoji tarptautinė LGD narystė. 1993 m. gegužės mėn. Vilniuje lankėsi Pasaulio gastroenterologų organizacijos prezidentas prof. G. Classen. Vizito metu jis buvo supažindintas su Lietuvos gastroenterologijos draugijos veiklos tikslais, posėdžių bei konferencijų tematika. Prof. G. Classen apsilankymo metu buvo aptartos galimybės dėl įsijungimo į Pasaulio Gastroenterologų organizacijos veiklą ir tarptautinį bendradarbiavimą. Tai atvėrė kelius Lietuvos gastroenterologų draugijai plėsti tarptautinius profesinius ryšius.
Tarptautinės organizacijos, kurių nare yra LGD:
- Pasaulio Gastroenterologijos organizacija (World Gastroenterology Organisation, WGO)
- Jungtinės Europos Gastroenterologijos organizacija (United European Gastroenterology, UEG)
- Europos Kepenų Tyrimų asociacija (The European Association for the Study of the Liver, EASL)
- Europos virškinimo organų onkologijos draugija (European Society of Digestive Oncology, ESDO)
Draugijos su kuriomis glaudžiai bendradarbiauja LGD:
- Lietuvos chirurgų asociacija
- Lietuvos minimaliai invazinės chirurgijos draugija
- Lietuvos endoskopuotojų draugija
- Lietuvos parenterinės ir enterinės mitybos draugija
- Lietuvos infektologų draugija
- Lietuvos endokrinologų draugija
- Lietuvos reumatologų asociacija
- Lietuvos dermatovenerologų draugija
- Lietuvos klinikinių farmakologų draugija
- Vilniaus chirurgų draugija
- Kauno gastroenterologijos ir endoskopijos klubas
- LR Krono ir opinio kolito ligų draugija (pacientų organizacija)